fvwmあたりを使っていたころからこの動きがすきなんですが、最近のGnomeでGUIから設定できない気がします。適当に調べたところ、
$HOME/.gconf/apps/metacity/window_keybindings/%gconf.xml
というファイルの〜の間に、
<entry name="raise_or_lower" mtime="1162188295" type="string">
<stringvalue><Control>2</stringvalue>
</entry>
を加えたらうまくいきました。mtimeは適当に。Cntrl-2で起動するようになっています。